馬祖天后宮位於馬祖村,是島上媽祖的信仰中心,信仰者眾,香火鼎盛。
南竿馬祖村居民口耳相傳,當媽祖之父遭逢船難,她便投海救父,卻不幸遭惡浪吞噬,屍身漂至村內澳口,後經居民發現後拾起安葬,民眾為感其孝心,以雕刻鳳紋的石棺厚葬。
媽祖生前為善人間,又得地靈之利,於 9月初9在此羽化昇天。明朝時,媽祖受封為天妃,清康熙時晉封為天后,也就是天上聖母的別稱,因此供奉媽袓的廟,便命名為天后宮。
早年廟貌陳舊,民國32年和平救國軍司令張逸舟曾督飭重建,後又經多次整修,現為宮殿式建築,整體莊嚴,並且結合兩岸三地工匠共同完成,雕樑畫棟、精緻堂皇。本廟曾舉辦全縣無數場大型信仰文化活動,並經常與兩岸三地各天后宮往來會香,是馬祖香火最旺的廟宇。
每年媽祖農曆生日時,都會舉辦盛大的慶祝及繞境活動,當晚燈火通明,鞭炮聲不絕於耳,廟會氣氛濃厚。
2009年3月,馬祖籍畫家及登山家李小石,帶著媽祖金身爬上喜馬拉雅山,讓祂成為第一尊登上聖母峰的神明。該金身現在正供奉在馬祖天后宮,供信眾參拜。